Spelarna vägrade att ta emot vars 500 dollar.
En av ledarna i VM-truppen ringde då hem till förbundsordföranden i Nigeria och fick då beskedet att han skulle skära ner ersättningen med ytterligare 100 dollar.
Det skriver Nigeria-tidningen The Vanguards utsände från Kina.
Dagsersättningen ska också ha prutats ner från 75 till 30 dollar, men en presstalesman förnekade att förbundet någonsin gått med på den högre summan.
Nigerias FF får 100.000 dollar av FIFA för damlandslagets deltagande i VM.