Sundsvall fick en mardrömsstarkt när Sandra Karlsson gav hemmalaget ledningen efter bara 9 sekunders spel.
– Vi hade nära 90 minuter på oss att vända matchen och andra halvlek var riktigt bra från vår sida, säger SDFFs tränare Sören Ericson.
Men Karolin Petterson nickade in 2-0 efter hörna i mitten av halvleken.
Sundsvalls snabba anfallare Jenny Hjolhman beredda Eskilstuna-försvaret skärpt uppmärksamhet. Det var hon som redan minuter efter sidbytet reducerade.
När Sundsvall under de sista minuterna tryckte på som mest fick Eskilstuna läge för en kontring som Linn Andersson utnyttjade till att göra 3-1 på när matchuret tickade på tilläggstid.
Eskilstuna har nu fyra poängs ledning före Bollstanäs som Sundsvalls tar emot hemma om en vecka.
– Upprepar vi spelet från andra halvlek tror jag vi tar dem, säger Sören Ericson.