Kopparbergs/Göteborg hade greppet och det såg ut som att Lisa Dahlkvists mål som seglade in efter 11 minuter i förlängningen skulle räcka till seger.
Två minuter kvar av förläningen, i 118:e minuten kvitterade inbytta Andrea Comaneci, som gjorde sin första kvart på plan i år när hon byttes in i Hammarbys förra match mot Kristianstad. Målskottet var en halvvolley efter inlägg.
Hammarby satte alla sina fem straffar medan målvakt Minna Meriluoti räddade den som Kopparbergs/Göteborgs förra Hammarby-spelaren Jane Törnqvist sköt.
Susanne Nilsson fick äran att stå i Kopparbergs/Göteborgs mål istället för Hedvig Lindahl.
– Ingen skugga över Sussie, understryker Kopparbergs/Göteborgs assisterande tränare Christian Andersson.
De båda måljägarna Sara Lindén och Linnea Liljegärd fick inte full speltid för att de är litet slitna och en viktig match mot Linköping väntar.
– Vi var för obeslutsamma och Hammarby hann med att ställa om, förklarar Christian Andersson.
Hammarby hade inte med sin Nazanin Vaseghpanah som läker en lårkaka.
Tempest-Marie Norlin och Sara Wiman spelade längst fram. Annica Svensson höll samman försvaret. Linda Bengtsson spelade sin första match från start.
– Vi försökte upprepa spelet som gav oss den första trepoängaren i Kristianstad i lördags och det är härligt att det fick vägen, säger Lars Pihl.
